Chrisye dilahirkan Christian Rahardi di Jakarta pada 16 September 1949 kepada Laurens Rahadi, seorang usahawan Cina-Betawi, dan Hanna Rahadi, seorang suri rumah Cina-Sunda.[1] Beliau merupakan anak kedua daripada tiga orang adik-beradik yang kesemuanya lelaki dilahirkan kepada pasangan itu;[2][3] abangnya ialah Joris dan adiknya ialah Vicky. Keluarga berkenaan tinggal di Jalan Talang berhampiran Menteng, Jakarta Pusat, sehingga 1954, apabila mereka berpindah ke Jalan Pegangsaan (juga dalam Menteng).[1]

Ketika menghadiri Sekolah Menengah GIKI, Chrisye berkenalan dengan keluarga Nasution yang berdekatan; beliau menjadi rapat dengan Bamid Gauri, dengannya beliau bermain badminton dan layang-layang.[4] Beliau juga mula mendengar koleksi rakaman bapanya, menyanyi bersama-sama lagu-lagu oleh Bing Crosby, Frank Sinatra, Nat King Cole, dan Dean Martin.[1][5] Selepas menamatkan pengajian di sekolah rendah, Chrisye menghadiri Sekolah Pertengahan Kristian III Diponegoro.[4]

Beatlemania mencapai Indonesia manakala Chrisye berada di SMA PSKD Menteng, dan meningkatkan minatnya dalam bidang muzik.[6] Menjawab keinginan Chrisye untuk bermain alat muzik, bapanya membelikan gitar; Chrisye memilih gitar bes, kerana menganggap ia yang paling mudah untuk menguasai. Kerana mereka tidak boleh membaca muzik, Chrisye dan Joris belajar untuk bermain dengan mengiringi rekod bapa mereka dan lagu-lagu yang dirakam daripada radio.[7][8] Pada masa mereka mula bermain di acara-acara sekolah, dengan vokal oleh Chrisye.[7] Dalam tempoh ini beliau mula merokok di sekolah; apabila ditangkap, beliau telah dihukum oleh dipaksa untuk menghisap lapan batang rokok sekali gus, di hadapan murid-murid. Walau bagaimanapun, ini gagal menyembuhkan tabiat dan beliau akhirnya menjadi seorang perokok tegar.[7]